Estas son las 20 bacterias más estudiadas y la mayoría han sido pasadas por alto

Paul Jensen, biólogo de sistemas microbianos de la Universidad de Michigan en Ann Arbor, quería ver si las herramientas de inteligencia artificial, como los grandes modelos de lenguaje, podían sintetizar investigaciones sobre diferentes microorganismos. Entonces, identificó todos los artículos relevantes sobre una especie bacteriana que su laboratorio estaba estudiando, un organismo que causa caries. Nevo nodular – pero descubrió que ya los había leído todos, unas cuantas docenas en total.

Muchos microbiólogos estarían en una situación similar o peor. En un estudio publicado en el servidor de preimpresión bioRxiv la semana pasada¹Jensen descubrió que sólo 10 especies de bacterias representaban la mitad de todas las publicaciones, mientras que casi tres cuartas partes de todas las especies de bacterias mencionadas no tenían ni un solo artículo de investigación dedicado a ellas.

“Hemos aprendido mucho sobre un pequeño número de especies”, dice Jensen. Pero “para muchas bacterias, no hay nada que un modelo de lenguaje pueda leer mediante una IA”. Los investigadores afirman que los microbios importantes para la salud humana y la de la Tierra no se han estudiado específicamente.

Microbio típico

Al igual que otros científicos de la vida, los microbiólogos estudian organismos modelo, con la esperanza de obtener información de laboratorios con buen comportamiento, como Escherichia coli Estará relacionado con otros organismos.

Y en muchos casos lo es: las bases de la biología molecular se construyen mediante experimentos Escherichia coli. Pero a medida que los científicos amplían el repertorio de vida microbiana con cada muestra de piel, heces o suelo que secuencian, aumenta la oportunidad de descubrir conocimientos nuevos e inusuales.

Para medir el sesgo de la microbiología hacia un pequeño número de organismos modelo, Jensen consultó una base de datos de 43.409 especies bacterianas únicas y contó el número de artículos indexados en PubMed (el depósito de literatura biomédica administrado por el gobierno de EE. UU.) que mencionaban cada especie en el título o abstracto. .

Como era de esperar, Escherichia coli Ocupó el primer lugar con más de 312.000 publicaciones, o el 21% del total. El resto de los diez primeros se compone principalmente de patógenos humanos, p. Estafilococo aureusinfección oportunista, micobacteria tuberculosis y Helicobacter pyloriun microbio estomacal que puede provocar úlceras e incluso cáncer (ver “La mayoría de las bacterias estudiadas”).

Pero el 74% de las especies bacterianas no fueron mencionadas en el título o resumen de ningún artículo indexado (“microbios ignorados”). La brecha entre las bacterias conocidas y las que se han estudiado también se ha ampliado en los últimos 25 años, en parte debido a los estudios de microbiomas que secuencian colectivamente microbios.

Organismos no estudiados

Nicola Segata, científica del microbioma de la Universidad de Trento en Italia, está consternada por las conclusiones del estudio, pero no sorprendida. Con una o dos excepciones, los microbios que abundan en el microbioma humano sano no figuran en la lista de las 50 bacterias más estudiadas. Muchos de los organismos importantes para la salud humana descubiertos por Segata y otros ni siquiera han sido nombrados, y mucho menos estudiados. Y añade: “A estas especies todavía les queda un largo camino por recorrer antes de que sean estudiadas al nivel que merecen”.

Brett Baker, ecólogo microbiano de la Universidad de Texas en Austin, señala que los microbios que se encuentran en diversos ecosistemas, como los océanos y el suelo, no se han estudiado claramente. “Ninguno de los organismos dominantes de la naturaleza está en esta lista”, afirma. “Esto es un problema”.